En japansk industrimann, under påvirkning av amerikansk mote, bestemte seg for å begynne å bygge individuelle atomrom, men de kunne ikke etablere masseproduksjon, og det eneste tilfluktsrommet ble forlatt. Fem år senere reiste byggefirmaet, som brukte bunkeren som grunnmur, et tre etasjers bygning, der baksiden lå ved siden av skråningen. I dette huset bosatte en mann seg som frivillig forlot samfunnet. I den siste tiden var han personlig sekretær for en berømt politiker, giftet seg med datteren og reklamerte for krisesentre i et byggefirma som svigerfaren kontrollerte.
Men en fin dag tok han fra sin kone en fem år gammel sønn, som legene anså som utviklingshemmet, og begynte å leve med barnet som en eneboer i et ly. Selv utnevnte han seg til advokat for de som han elsket mest i denne verden - trær og hvaler. Han skiftet navn for å understreke sin nye essens, og begynte å kalle seg Ooki ("mektig tre") Isana ("modig fisk"). Han er engasjert i å se på bilder av hvaler, se gjennom kikkert for trær som vokser utenfor. For å være nærmere naturen laget han et hull i bunkerens 30 x 30 centimeter gulv og stupte i tanker og satte bare føtter på ekte jord. Isana tapte stemmer fra forskjellige fugler, og sønnen Dzin lærte å gjenkjenne dem nøyaktig: det viste seg at gutten har en uvanlig ivrig hørsel.
En gang en hendelse inntreffer i et sumpet lavland som er synlig fra vinduene i et krisesenter. En ung jente forfører en politiagent, og vennene hennes angriper ham og tar bort en pistol. For å redde seg selv, velger agenten den svakeste av angriperne, og etter å ha forspilt, legger han en håndjern på hånden, mens han klikker den andre håndjernet på hånden. Tenåringer slo agenten, og gutten prøver å klippe av hånden for å rømme. En politiagent løsner håndjernet og løper bort, og tenåringene skriker etter ham i lang tid.
Ser at trærne var dekket med ung løvverk og fikk en følelse av full sikkerhet, føler Isana, åndelig forbundet med dem, seg også beskyttet og forlater ly. Han, som planter, våkner av dvalemodus og søker en vei ut for energien som har samlet seg i ham. Sammen med Jin går han på bussen og drar til parken, men de kommer for sent: parken er allerede stengt og kjøreturen fungerer ikke. Vekteren savner dem likevel, og i en øde park møter de en gruppe aggressive tenåringer, hvorav den ene har en bandasjert hånd. Isana føler en urimelig frykt og har det travelt med å komme tilbake til ly. Å gå til butikken og forlate Jin hjemme alene, opplever Isana også frykt. Han har mareritt om natten. Han har en følelse av at huslyet deres blir overvåket hele tiden. En gang oppdager han en tegning på veggen i et hus - en sirkel og et kors. Isana maler ved siden av dette øyemønsteret. Han møter en jente i nærheten av huset hans, som tilbyr ham å sove i garderoben til den berømte skuespilleren i et forlatt filmstudio, stående på avstand fra det sumpete lavlandet. Isana svarer ingenting og forlater, og om natten hører tramping av tenåringer på taket og bekymrer seg for Jin, hvis skjøre mentale balanse så lett blir opprørt.
Dagen etter ser Isana gjennom kikkert på ruinene av et filmstudio og ser en naken jente i vinduet på paviljongen. Plutselig legger han merke til en gruppe tenåringer som beskylder ham for å ha spionert på dem. De spør hvorfor Isana og Jin bor her uten å snakke med noen. Isana forklarer dem at han er advokat for trær og hvaler. Etter å ha truet med represalier, tvang tenåringene Isan til å la Boy inn i huset hans, en tenåring hvis sår begynte å plage seg, og Inago, selve jenta som foreslo Isan å sove hos henne. Isana går til apoteket for medisiner til pasienten, mens Inago passer på Jin. Til Isans overraskelse behandler jenta babyen forsiktig og oppmerksomt.
En av tenåringene, Takaki, forteller Isana om hvaltreet. Som barn hørte Takaki om ham, drømte om ham, men så ham aldri. Navnet "Whale Tree" gir Isan en varm følelse, det begynner også å virke for ham at et slikt tre eksisterer. Hjemme fra apoteket faller Isana av sykkelen. Tenåringer ler og tenker ikke i det hele tatt at han kan bli skadet. Isana undrer seg over sin grusomhet. Takaki kommer til Isana i en stjålet bil og fortsetter historien om hvaltreet. Noen dager senere viser Takaki Isana en cache av tenåringer: de slo seg ned i et forlatt filmstudio. De demonterte skonnerten, som en av dem skulle beskytte, i deler dro den til en av paviljongene, og der samlet de den og begynte å studere den maritime virksomheten, slik at de senere kunne seile. Tenåringene er samlet i Union of Free Mariners og bor her, og utstyrer avlukkene i kjelleren.
Ser at Takaki hadde med seg Isan, vil slaget, som nesten kom seg og vendte tilbake til skonnerten, skyte "denne gale mannen": ingen andre skulle vite om cachen deres. Isana er ikke redd for døden: Inago bryr seg så godt for gutten at han kan klare seg uten far. Men Isana må oppfylle sitt oppdrag - å fortelle nykommere fra andre verdener at det ikke var mennesket som regjerte på jorden, men hvaler og trær. Kampen er redd for at Isana vil anmelde dem til politiet, men alle de andre tenåringene er gjennomsyret av tillit til Isan og tilbyr ham å bli med dem.
En mann med kallenavnet Korotky, som allerede er førti år gammel, slik at han er enda eldre enn Isan, sier at han ved trettifem år plutselig begynte å krympe og fortsatt krymper. Faktisk virker lemmene hans for lange sammenlignet med en altfor kort kropp. Han ble sendt til et psykiatrisk sykehus, men han slapp derfra. Han har ingen plass i vanlige menneskers verden, og han føler seg normal i et ungdomssamfunn. Tenåringer lytter til Isans resonnement om trær og hvaler og konkluderer med at han har det de mangler: evnen til å sette ord på tankene. De tror at hans utmerkede kommando av ordet kan være nyttig for dem.
Isana tilstår overfor tenåringene sine synder: da han var hans sekretær for svigerfaren, brakte han gutter til ham og overgikk hans perversjoner. En gang drepte de en gutt ved et uhell, og siden den gang har ikke Isana kjent til fred. Som en "spesialist i ord" begynner Isan å studere engelsk med tenåringer, og velger for denne "Moby Dick" og Dostojevskij i en engelsk oversettelse. Til å begynne med frykter han at samtalene med den gamle mannen Zosima virker for moralske for tenåringene, men de lytter med stor interesse, og ordet “bønn” fanger dem bokstavelig talt. Til Isans overraskelse forelsket ungdommer seg i Jin og liker å høre på seriøs musikk. Isana lever i påvente av verdens ende, og tenåringer venter på det store jordskjelvet - de har mye til felles.
Tenåringer blir tiltrukket av Union of Free Mariners av en soldat fra selvforsvarsstyrkene - elskede Inago. De vil at han skal lære dem å håndtere våpen. Isana ber kona Naobi om å finne et sted ved kysten hvor han og vennene hans kunne bo to til tre uker. Naobi finner et slikt sted for dem i Izu, men der begår Korotky et svik - han fotograferer militærøvelsene til Union of Free Mariners og selger bilder til ukentlig. Han vil tvinge tenåringer til å drepe ham, ved å tro at forbrytelsen vil forene dem og gjøre Union of Free Mariners til en militær organisasjon. Tenåringene arrangerer en rettssak mot Korotky, der en av dem - Tamakichi - ved en tilfeldighet skadet Korotky. Når de innser at det korte såret er dødelig, bestemmer ungdommer å henrette ham. Hver av dem kaster en stein på ham. Isana og soldaten står fra hverandre. En soldat, som tar en lastet maskinpistol og kaster Inago, kommer på en motorsykkel og løper bort, tenåringer jager. En av dem - Tamakichi - kaster en granat på en fiske skonnert. Skonnerten lyser opp, og mistanken faller på soldaten. En soldat begår selvmord. Inago blir elskerinnen til Isan, Isan, Dzini, Inago vender tilbake til Tokyo, i tilflukt. Der blir de møtt av tenåringer: De ødelegger et filmstudio, de hadde ingen steder å gå, og etter å ha brutt et vindu klatret de opp i Isans husly.
I paviljongen på filmstudioet var det bare en kamp: Han gikk aldri med på å forlate skonnerten. Slik at hun ikke faller i gale hender, sprenger han det opp. Arbeidere som ødela et filmstudio slo Boy. Tamakichi tar den døende kameraten til en klinikk ved Tokyo University og etterlater ham i arkaden. Tenåringer funderer på hva de skal gjøre videre. Isana ber Naobi om å hjelpe til med å skaffe pengene til skipet kan seile med tenåringene. Naobi nominerte seg selv til valget, og Isana håper at det er mer lønnsomt for henne å få mannen og sønnen til å svømme i sjøen og beskytte hvalene, i stedet for å sitte i en atom tilflukt. Naobi lover å tilby byggefirmaet å kjøpe husly og land fra Isan - inntektene vil være nok for det planlagte foretaket. Bare i tilfelle lager ungdom matforsyning - hvis de skal bli beleiret, vil de trenge dem i et ly, men hvis de forventes å seile, vil de ta dem med seg. For ikke å bringe barnet i fare, tilbyr tenåringene Isan og Jin å forlate ly, men Isana ønsker å informere kona om at de og Jin blir tatt som gissel - da vil hun helt sikkert stille et skip til disposisjon. Politibiler er synlige fra lyvinduet. En motorisert tropp omringet bygningen. Tenåringer skyter, politiet fyrte tåregass. De oppfordrer de beleirede til å overgi seg.
Tenåringer venter på Isans kone. Naobi kommer, men hevder at selv i navnet til barnet sitt, vil hun ikke inngå en avtale med kriminelle. Tenåringer kjemper tappert, men makten er ikke på deres side, og de dør etter hverandre. Det blir tydelig at de ikke lenger trenger skipet: de kunne fortsatt ikke seile, fordi navigatøren og radiooperatøren ble drept. Tamakichi har tenkt å kjempe til slutt, men han vil ikke at Union of Free Mariners forsvinner sporløst. Han inviterer Takaki til å forlate og gjenopplive ham. Isana trekker seg som spesialist i følge Union of Free Mariners, nå er han fullstendig forpliktet til pliktene som en hval- og treadvokat. Takaki innrømmer at historien hans om hvaltreet er fiksjon, men Isana innvender at så snart han ikke kan dra hjem til Takaki og være overbevist om dette, er det ingenting som hindrer ham i å tro at hvaltreet eksisterer. Takaki med et hvitt flagg forlater ly, etterfulgt av Inago med Jin i armene og en lege (en tidligere student ved et medisinsk institutt). Mens de går til bilen, slo politiet dem.
Når bilen tar bort de som overga seg, kjører en brannbil med kran opp til ly og begynner å ødelegge bygningen. Bare Isana og Tamakiti ble igjen i ly. Isana går ned til bunkeren. Han legger føttene på bakken og lytter til filmen med skrik av hvaler. Vann slår en fontene: kastet ut av en brannbil, det lekket under fundamentet og tilstoppet på stedet der det var et hull i gulvet. Mankehullet stiger, skudd blir hørt. Isana skyter tilbake. Vann stiger høyere og høyere. Når han vender seg til sjelene til trær og hvaler, sender Isana dem den siste tilgivelsen og dør.