Det er denne sjangeren, karakteristisk for litteraturen fra 1700-tallet, som Goethe velger for sitt arbeid, handlingen foregår i en av de små tyske byene på slutten av 1700-tallet. Romanen består av to deler - dette er bokstavene til Werther selv og tillegg til dem under overskriften "Fra forlaget til leseren." Werthers brev er adressert til vennen Wilhelm, i dem søker forfatteren ikke bare å beskrive livets hendelser, men å formidle sine følelser som verden rundt ham fremkaller.
Werther, en ung mann fra en fattig familie, utdannet, utsatt for maleri og poesi, bosetter seg i en liten by for å være alene. Han liker naturen, kommuniserer med vanlige mennesker, leser sin elskede Homer, tegner. På en ungdommelig utenbys ball møter han Charlotte S. og blir forelsket i henne uten noe minne. Lotta, det er navnet på jentas nære venner, er den eldste datteren til den fyrste amtmannen, alt i alt er det ni barn i familien deres. Moren deres døde, og Charlotte, til tross for ungdommen, klarte å erstatte henne med sine brødre og søstre. Hun er ikke bare ytre attraktiv, men har også uavhengige dommer. Allerede på den første dagen av møte Werther med Lotta, avsløres det en tilfeldighet av smak, de forstår lett hverandre.
Siden den tiden tilbringer den unge mannen det meste av tiden hver dag i amtmannshuset, som ligger en times gange fra byen. Sammen med Lotta besøker han en syk pastor, går for å passe på en syk dame i byen. Hvert minutt tilbrakt i nærheten av henne gir Werther en glede. Men den unge manns kjærlighet er dømt til å lide helt fra begynnelsen av, fordi Lotta har en forlovede, Albert, som gikk for å få en solid jobb.
Albert kommer, og selv om han behandler Werther varmt og delikat skjuler manifestasjonene av følelsene hans for Lotte, er den forelsket unge mannen misunnelig på henne. Albert er behersket, rimelig, han anser Werther som en fremragende person og tilgir ham sin rastløse disposisjon. Werther er hard på tilstedeværelsen av en tredje person på en date med Charlotte, han faller i uhemmet moro, da i dystre stemninger.
En gang for å bli litt distrahert, går Werther over fjellene og ber Albert om å låne ham pistoler på vei. Albert er enig, men advarer om at de ikke er siktet. Werther tar den ene pistolen og legger den på pannen. Denne ufarlige vitsen blir til en alvorlig debatt mellom unge mennesker om en mann, hans lidenskaper og sinn. Werther forteller historien om en jente som ble forlatt av kjæresten og hastet ut i elven, fordi uten ham har livet for henne mistet all mening. Albert anser denne handlingen som «dum», han fordømmer en person som, bortført av lidenskaper, mister evnen til å resonnere. Werther, tvert imot, avviser overdreven rasjonalitet.
Til bursdagen sin mottar Werther et knippe fra Albert som gave: han har en bue fra Lotta kjole der han så henne for første gang. Den unge mannen lider, han forstår at han må ned til virksomheten, for å gå av, men han setter alltid av øyeblikket med separasjonen. Før avreise kommer han til Lotte. De drar til sin favoritt arbor i hagen. Werther sier ingenting om den forestående separasjonen, men jenta, som om hun forventer henne, starter en samtale om døden og om hva som vil følge. Hun husker moren de siste minuttene før hun slo opp med henne. Werther er likevel begeistret for historien sin og finner styrken til å forlate Lotta.
Den unge mannen drar til en annen by, han blir tjenestemann ved messenger. Sendebudet er kresen, pedantisk og dum, men Werther ble venner med grev von K. og prøver å lysne opp ensomheten i samtaler med ham. I denne byen, som det viser seg, er fordomsfordommer veldig sterke, og den unge mannen blir kontinuerlig pekt på sin opprinnelse.
Werther møter jenta B., som vagt ligner den makeløse Charlotte. Han snakker ofte med henne om sitt tidligere liv, inkludert å fortelle henne om Lotte. Det omkringliggende samfunnet irriterer Werther, og hans forhold til messenger blir verre. Saken ender med at messenger klager om ham til statsråden, det samme som en ømfintlig person, skriver et brev til den unge mannen der han uttaler ham for følsom og prøver å rette sine ekstravagante ideer i retningen der de vil finne den rette bruken.
Werther er forsonet en stund med sin stilling, men det er en "plage" som tvinger ham til å forlate tjenesten og byen. Han var på besøk hos grev von K., han satte seg opp, på dette tidspunktet begynte gjestene å samles. I byen var det imidlertid ikke vanlig at en mann av lav klasse dukket opp i et edelt samfunn. Werther skjønte ikke umiddelbart hva som skjedde, foruten å ha sett den kjente jenta B., snakket han med henne, og først når alle begynte å skvise mot ham, og samtalepartneren knapt kunne fortsette samtalen, dro den unge mannen seg raskt. Dagen etter spredte sladder over hele byen at grev von K. hadde sparket Werther ut av huset sitt. Han ønsker ikke å vente når han blir bedt om å forlate tjenesten, og sender inn et avskjedsbrev og går av.
Først reiser Werther til sine hjemlige steder og unner seg søte barndomsminner, deretter godtar han invitasjonen fra prinsen og drar til sine eiendeler, men her føler han seg malplassert. Til slutt, ikke lenger i stand til å bære separasjonen, vender han tilbake til byen der Charlotte bor. I løpet av denne tiden ble hun kona til Albert. Ungdommer er glade. Utseendet til Werther bidrar til familiens liv. Lotte sympatiserer med den forelsket unge mannen, men hun er ikke i stand til å se hans pine. Werther haster med, han drømmer ofte om å sovne og ikke lenger våkne, eller han vil begå en synd og deretter soning for det.
En gang, mens han vandrer rundt i utkanten av byen, møter Werther en gal Henry, som samler en bukett blomster til sin elskede. Senere får han vite at Henry var en skribent hos faren til Lotte, ble forelsket i en jente og kjærligheten drev ham gal. Werther føler at bildet av Lotta hjemsøker ham og at han ikke har styrke nok til å få slutt på lidelsen. På dette bryter den unge mannens brev, og vi vil lære om hans fremtidige skjebne fra forlaget.
Kjærlighet til Lotte gjør Werther utålelig for andre. På den annen side blir beslutningen om å forlate verden mer og mer styrket i sjelen til en ung mann, for han kan ganske enkelt ikke forlate den elskede. En dag finner han Lotta sortere ut gaver til familien sin på julaften. Hun henvender seg til ham med en forespørsel om å komme til dem neste gang ikke tidligere enn julaften. For Werther betyr dette at han blir fratatt den siste livsglede. Likevel, dagen etter reiser han fortsatt til Charlotte, sammen leste de et utdrag fra Werthers oversettelse av Ossians sanger. I en mengde vage følelser mister den unge mannen kontrollen over seg selv og henvender seg til Lotte, som hun ber ham om å forlate henne.
Hjemme på vei arrangerer Werther sine saker, skriver et avskjedsbrev til kjæresten sin, sender tjeneren med en lapp til Albert for pistolene. Nøyaktig ved midnatt rant det et skudd på Werthers rom. Om morgenen finner tjeneren en ung mann, som fortsatt puster, på gulvet, en healer ankommer, men det er for sent. Albert og Lotta er bekymret for Werthers død. De begraver ham ikke langt fra byen, på det stedet han valgte selv.