I huset til Ivan Petrovich Shuisky, i nærvær av mange geistlige menn og noen gutter, bestemmer de seg for å skille Fyodor Ioannovich med Tsarina, Godunovas søster, takket være hvem Boris i det hele tatt blir holdt. De lager et papir der de husker dronningens barskhet og Demetrius 'barndom og ber kongen inngå et nytt ekteskap. Golovin antyder Shuisky om muligheten for å sette Demetrius i stedet for Fedor, men får en streng avvisning. Prinsesse Mstislavskaya bærer gjester rundt og drikker Fedors helse. Shakhovsky, brudgommen til Mstislavskaya, matchmaker Volokhov kaller stedet for det hemmelige møtet. Ivan Petrovich sender en begjæring til Metropolitan, og beklager behovet for å ødelegge dronningen. Fedyuk Starkov, butleren hans, rapporterer om det Godunov har sett. Etter å ha mottatt fra Uglich informasjon om Golovins forhold til Nagimi og sett en trussel mot hans makt, kunngjør han til supporterne, Lup-Kleshnin og Prince Turenin, beslutningen om å forsone seg med Shuisky. Fjodor kommer og klager på en bukket hest. Dronning Irina dukker opp, som Fedor rampete rapporterer om skjønnheten Mstislavskaya, som han så i kirken, og forsikrer umiddelbart dronningen at hun er vakrere for ham enn alle andre. Godunov snakker om et ønske om å komme til rette med Shuisky, og tsaren tar gjerne opp saken.

Fedor kunngjør sin intensjon om å forene Godunov med Shuisky og ber om hjelp fra Metropolitan Dionysius og andre presteskap. Dionysius anklager Godunov for å undertrykke kirken, mild mot kjetterne og gjenoppta skatteoppkrevingen, som kirken ble frigjort fra. Godunov presenterer ham beskyttelsesbrev og rapporter om forfølgelse av kjetteri som er utført. Kongen ber om støtte fra Irina og boyars. Ledsaget av populær entusiasme kommer Ivan Petrovich Shuisky. Fedor irettesetter ham for ikke å besøke Dumaen, Shuisky frarådes av umuligheten av å samtykke til Godunov. Fjodor, husker Skriften og kaller geistlige for vitner, snakker om fordelene ved forsoning, og Godunov, som er lydig mot ham, tilbyr Shuisky-samtykke. Shuisky irettesetter ham for ikke å ville dele statskontroll, som John testamenterte til fem gutter: Zakharyin (avdød), Mstislavsky (kraftig tonsurert), Belsky (eksilert), Godunov og Shuisky. Godunov, som rettferdiggjør seg, snakker om Shuiskys arroganse, at han brukte den eneste makten til fordel for Russland, noe som også er bevist av; han legger til at den vanskelige oppgaven med å sette en frustrert tilstand i orden bare var Shuysky. Og når Ivan Petrovich kaller supporteren Metropolitan, rapporterer han om Godunovs handlinger til fordel for kirken og overtaler Shuisky til fred. Irina, som viser sitt broderte omslag til Pskov-helligdommen, innrømmer at dette er hennes bønneløfte for frelse av Shuisky, som en gang er beleiret av litauere i Pskov. En begeistret Shuisky er klar til å glemme den gamle fienden, men krever fra Godunov sikkerhetsgarantier til sine medarbeidere. Godunov sverger og kysser korset. De inviterer de utvalgte fra mengden brakt av Shuisky. Fjodor snakker med gubben og vet ikke hvordan han skal stoppe ham, i nevøen hans kjenner han igjen kjøpmann Krasilnikov, som moret ham nylig med en bjørnekamp, ​​husker broren Golub, som beseiret Shakhovsky i fisticuffs - Godunov og Shuisky klarte ikke umiddelbart å tilbakeføre tsaren til det valgene ble kalt for . Shuisky kunngjør en forsoning med Godunov, kjøpmennene er bekymret (“Du forsoner hodene våre”), Shuisky er irritert over hans mistillit til personen som nettopp har sverget på korset. Kjøpmenn ber om beskyttelse fra kongen Godunov, men han sender dem til Boris. Boris beordrer stille å skrive ned navnene på kjøpmennene.

Om natten i hagen til Shuisky Princess Mstislavskaya og Vasilisa Volokhova venter på Shakhovsky. Han kommer, snakker om kjærlighet, om utålmodigheten som bryllupet venter på, ler henne og spøker med henne. Krasilnikov kommer løpende, slipper inn, Shakhovsky gjemmer seg, etterlyser Ivan Petrovich og rapporterer at alle som var med tsaren ble tatt til fange etter Gudunovs ordre. Sjokkerte Shuisky beordrer Moskva å reise seg til Godunov. Hadde et hint om Dimitri Golovin, kuttet han brått av, og uttalte at Boris hadde lurt seg til bedrag, går han til tsaren. De resterende guttene diskuterer i mellomtiden begjæringen og leter etter en ny dronning. Vasily Shuisky kaller prinsesse Mstislavskaya. Broren bestemte seg ikke umiddelbart, og ønsket i det minste å finne en grunn til en krangel med Shakhovsky. Mens han nøler, skriver Golovin prinsessens navn til en begjæring. Shakhovskaya dukker opp og erklærer at hun ikke vil gi fra seg bruden. Prinsessen og Volokhova er også funnet. Med et generelt rop, gjensidige trusler og bebreidelser griper Shakhovskaya et brev og løper av gårde. Godunov presenterer for tsar-statsavisene, hvis innhold han ikke går inn på, men er enig i Boris beslutninger. Tsarina Irina snakker om et brev fra Uglich fra Dowager-dronningen med en forespørsel om å returnere med Dimitri til Moskva. Fjodor overlot saken til Boris, men Irina krevde løsningen av "familiesaken" fra ham; Fedor krangler med Boris og er irritert av sin iherdighet. Shuisky kommer, klager på Godunov. Han låser ikke opp og forklarer at kjøpmennene ikke ble tatt for fortiden, men for å prøve å opprøre verden mellom ham og Shuisky. Tsaren er klar til å tilgi Godunov, og tror at de rett og slett ikke forsto hverandre, men det nådeløse kravet om å forlate prinsen i Uglich er endelig sint på tsaren. Godunov sier at han viker for Shuisky, Fedor ber ham om å bli. Shuisky, såret av tsarens oppførsel, forlater. Kleshnin bringer Golovin Nagims brev sendt fra Uglich, Godunov viser det til tsaren, og krever at Shuisky blir tatt i varetekt og eventuelt henrettet. I tilfelle svikt truer han med å forlate. Sjokkert Fedor etter lang nøling nekter Godunovs tjenester.

Ivan Petrovich Shuisky trøster prinsesse Mstislavskaya: han vil ikke tillate henne å gifte seg med tsaren og håper at Shakhovskaya ikke vil informere dem. Når han sender til prinsessen, tar han imot gutterne og flyktningene Krasilnikov og Dove, og, forutsatt at den fattige Fedoren er blitt fjernet og Demetrius fortryllet, definerer alles oppgaver. Den fremmedgjorte Godunov, som sitter hjemme, spør Kleshnin om Volokhova og gjentar mange ganger, "slik at hun skulle hore prinsen". Kleshnin sender Volokhov til UGLICH en ny mor, beordrer at han skal beskyttes, og antyder at hvis prinsen som lider av en uvan vil drepe seg selv, vil de ikke spørre henne. I mellomtiden kan ikke Fedor finne ut av papirene som ble presentert for ham. Kleshnin kommer og rapporterer at Boris ble syk av frustrasjon, og Shuisky må straks bli fengslet for sin intensjon om å heve Demetrius til tronen. Fedor tror ikke. Shuisky kommer inn, som Fedor snakker om en oppsigelse og ber ham om å rettferdiggjøre seg selv. Prinsen nekter, kongen insisterer, Kleshnin skyver. Shuisky tilstår å gjøre opprør. Fjodor, redd for at Godunov ville straffe Shuisky for forræderi, erklærer at han selv beordret å sette prinsen på tronen, og tvinger ut den sjokkerte Shuisky fra rommet. Shakhovskaya springer ut i de kongelige kamrene og ber om å gi bruden tilbake til ham. Fedor, etter å ha sett signaturen til Ivan Petrovich Shuisky, gråter og hører ikke på Irinas argumenter om absurditeten i avisen. Han beskytter Irina mot fornærmelser, signerer han Borisovs orden og skremmer både henne og Shakhovsky. På broen over elven opprører den gamle mannen folket for Shuisky, hussaren synger om hans tapperhet. En messenger rir med nyheten om fremskrittet for tatarene. Prins Turenin med bueskyttere fører Shuisky til fengsel. Folket, drevet av den gamle mannen, ønsker å frigjøre Shuisky, men han snakker om sin skyld foran den "hellige" kongen og at de fortjener straff.

Kleshnin rapporterer til Godunov at shuiskiene og deres støttespillere er fengslet og introduserer Vasily Ivanovitsj Shuisky. Han snur saken som om han hadde startet en begjæring til fordel for Godunov. Når Gudunov forstår at Shuisky er i hendene, lar han gå. Tsarina Irina kommer for å gå forbi for Ivan Petrovich. Godunov er klar over at han innser at Shuisky ikke vil slutte å krangle med ham. På torget foran katedralen snakker tiggere om en endring i storbyen som er motstridende for Godunov, om henrettelsen av kjøpmenn som sto bak Shuisky. Tsarina Irina leder Mstislavskaya for å be om Shuisky. Fedor kommer ut av katedralen etter å ha servert en rekvisiem for tsaren Ivan. Prinsessen skynder seg ved føttene. Fedor sender Prince Turenin for Shuisky. Men Turenin rapporterer at Shuisky kvalt seg om natten, beskylder seg for å ha oversett (fordi han slo av mengden brakt til fengselet av Shakhovsky, og slo av bare ved å skyte Shakhovsky). Fedor skynder seg mot Turenin, anklager ham for å ha drept Shuisky, og truer ham med henrettelse. Budbringeren har med seg et brev fra Uglich om prinsens død. Den sjokkerte kongen ønsker å finne ut sannheten selv. Det kommer en melding om tilnærmingen til Khan og en tidlig beleiring av Moskva. Godunov tilbyr å sende Kleshnin og Vasily Shuisky, og Fedor er trygg på Godunovs uskyld. Prinsesse Mstislavskaya sier at hun har til hensikt å få håret klippet. Fedor, på råd fra kona, overlater hele regjeringsbyrden til Boris, og husker hans intensjon om å "bli enige om alt, glatte ut alt", sørger han over skjebnen og sin kongelige plikt.