Handlingen finner sted i Moskva i 1584 og begynner en krangel i Boyarsky Duma: Mikhail Nagoy, broren til Tsarina Maria Fedorovna, argumenterer for et sted med Saltykov og drar de gjenværende boyarsene til swara. Zakharyin-Yuriev, bror til den første tsarens kone, bryter av tvister og snakket om viktigheten av å samle saken deres: John, plaget av anger etter drapet på sønnen, bestemte seg for å ta klosterrang og instruerte Dumaen til å velge en etterfølger. I mellomtiden kjemper "fiender mot Russland fra alle kanter", i det er pest og hungersnød. Prins Mstislavsky snakker om kongens seighet i hans avgjørelse. Nagoya tilbyr den unge Dmitrij Tsarevich med dronningen og om nødvendig "herskeren", som han er klar til å bli; Sitsky - Zakharyin, som ikke har farget seg med noe. Zakharyin snakker for Ivan Petrovich Shuisky, som nå sitter i den beleirede Pskov.

Kongen trengs imidlertid umiddelbart. Zakharyin ber Godunov om råd, ikke reparert om stedene og satte seg beskjedent ned alle nedenfor. Han har i detalj beskrevet statens uunngåelige stilling og snakker om umuligheten av å endre kongen på et slikt tidspunkt og ber drengene om å be John om å forbli på tronen. Sitsky husker tsarens grusomheter og prøver forgjeves å stoppe gutterne. De drar til tsaren, bestemmer underveis hvem som skal snakke, og skummel suverent sinne. Godunov tar risikoen. John, allerede kledd i en svart cassock, etter å ha fjernet hatten til Monomakh, venter i sengekammeret for avgjørelsen fra boyars og klages av erindringen om den siste skurk. En messenger kommer fra Pskov, som tsaren først viser til den "nye herren", men da han hører at nyheten er gledelig, hører han en historie om refleksjonen av overgrepene og Baturs retrett fra Pskov. Han mottar et brev fra Kurbsky, der han irettesetter tsaren med en vanskelig stavelse, truer med den raske fangsten av Pskov, mange av Johns grusomheter kaller årsaken til hans nåværende nederlag og minnes giftig om at han ble fjernet fra virksomheten. John er rasende, for etter å ha ødelagt alle Kurbskys slektninger, er han maktesløs til å ta ubehag på noen. Gutterne kommer, som kongen møter i stor irritasjon. Etter å ha hørt på en kort tale av Godunov, tar han på seg Monomakhovs hatt, bebreidet guttene som tvang ham til å gjøre det, og kysser Godunov, som holdt dristige og uforskammelige taler “til fordel for staten”. Fraværet av Sitsky går ikke upåaktet hen, og tsaren, som ikke ønsker å høre på forbønnene, beordrer henrettelsen.

I de kongelige kamrene til Goduns venter Zakharyin på John, og Godunov sier at kongen, som ønsker å skilles fra dronningen, be om den engelske dronningens niese. Den rasende Zakharyin spør hvordan Godunov prøvde å motvirke John, og får svaret om at han bare kan påvirke John på en rundkjørings måte. John kommer inn og rapporterer om opprøret i de polske troppene nær Pskov og om forventningen til en ambassadør fra Warszawa, sendt, etter hans mening, for å be om fred. Han beordrer Zakharyin å informere folket om denne meldingen. Han ber Godunov om å diskutere med den engelske ambassadøren betingelsene for det kommende ekteskapet. Han prøver å gå inn for dronningen og får en sint irettesettelse full av trusler. Forlatt alene, irettesetter Gudunov seg for den viste godhet og avviser å foretrekke samvittighet fremfor saken. I huset til Vasily Ivanovich Shuisky konspirerer gutterne Mstislavsky, Belsky og Nagoy-brødrene for å ødelegge Godunov. De bestemmer seg for å utnytte folks irritasjon og skylde på alle problemene på Godunov, og Shuisky tilbyr Mikhail Bityagovsky å oppfylle planen. Han påtar seg å gjøre opprør mot folket og oppfordre ham til å drepe. Belsky foreslår å sende Prokofy Kikin for det samme. Godunov kommer. Gjestene sprer seg raskt. Godunov klager til Shuisky at han ikke er elsket i Dumaen, Shuisky forsikrer ham om sin disposisjon og støtte og forlater, plutselig kalt opp av tsaren. Godunov, som er alene med Bityagovsky, oppdager hans perfekte bekjentskap med intensjonene sine, og truer ham med enestående henrettelser og sender ham til de samme torgene for å overtale folket mot Shuisky og Belsky, som ønsker å "forgifte kongen med gift".

I mellomtiden beordrer tsarinaen ikke tsarevichens mor å la noen andre komme til ham, og spesielt Godunov, hun bare stoler på Nikita Romanovich Zakharyin. Zakharyin kommer. Dronningen forteller ham om ryktene i palasset og spør om mistanken hennes ikke er sann om at kongen ønsker å forlate henne med Demetrius. Zakharyin ber henne om å være klar for alt, tsaren om ikke å krangle og stole på Godunov. John kommer med Godunov, og venter på at dronningen skal kle seg ut, lytter til forholdene til den engelske ambassadøren og spør om den polske som ankom etter Garaburd, og lurer på hva som lander Polen lover for fred, og ikke ønsker å høre på frykt for formålet med denne ambassaden. Dronningen som har kommet inn, kunngjør den forestående skilsmissen. forstyrret, lover Dimitri arven etter UGLICH, og etter å ha hørt Zakharyins forbønn, truer han med henrettelse. I tronkammeret mottar John den polske ambassadøren til Garaburda. Baturs krav er så ydmykende (å bringe Smolensk, Polotsk, Novgorod og Pskov ut av det livonske regimentet og gi Polen til Polen) at tsaren faller i raseri, etter å ha hørt den polske kongen til kampsport, kommer til å jakte sin ambassadør med hunder og kaste ham øks. Garaburda bemerker at John ikke kjenner nyheten om knusing av de russiske regimentene på grensen, om at svenskene tok Narova og deres felles kampanje med Batur i Novgorod, og etter å ha lovet John et møte med kongen i Moskva, forlater han. Godunov, som løp inn, bekrefter alle meldingene fra Garaburda, men tsaren beordrer å henge falske budbringere og tjene seirende bønner i alle kirkene.

På torget i Zamoskvorechye er publikum bekymret foran stabburet, indignerte over brødprisen, fogderne tar bestikkelser og det faktum at kongen ikke henretter lovbryterne. Kikin dukker opp, utkledd som en fremmed, beskylder Godunov og viser til Guds tegn, "en blodig, halet stjerne." Han forteller at han så et mirakel i Kiev: Sophia-korset i brann og stemmen som ropte til at Godunov skulle reise seg. Stemmer til forsvar for Godunov blir hørt, stemmer som ringer for å slå forsvarerne, og til slutt stemmen til Bityagovsky, som er vidåpen i kaftanen med en slettet sang på leppene. Han forteller at Shuisky og Belsky skulle forgifte kongen, men Godunov kastet den forgiftede kaken til hunden. Når Bityagovsky blir forvirret over en vandrer som har sett et mirakel, kaller han ham ved navn og sier at han ble sendt med vilje. Grigory Godunov dukker opp og kunngjør at Boris Godunov kjøper opp alle forsyninger fra sin egen statskasse og vil distribuere dem uten kontanter i morgen. Folket skynder seg til Kikin. I de kongelige kamrene ser dronningen, Godunovs søster, Irina og kona, Maria, på kometen. Kongen ser på henne fra verandaen. De vise mennene og trollmennene ble brakt for å avdekke hva kometen var for. John dukker opp og erklærer at han forsto tegnet: kometen kunngjør sin død. Han ber om tilgivelse fra dronningen, og ønsker å vite nøyaktig dødstidspunktet, for ikke å dø uten omvendelse, påkaller magiene. De kaller Kirillin dag. På forespørsel fra tsar Godunov leser han synodikken, der hans ofre er oppført, supplerer John listen. En butler ankommer fra Sloboda med en melding om at en vinterdag brant palasset ned av et lynnedslag. Rystet ber John alle om tilgivelse, ber lidenskapelig og spør Fedor hvordan han kommer til å styre, men Fedor ber om å sette noen andre i kongeriket. De har med seg to bokstaver: om tilnærmingen til Khan til Moskva og oppstanden rundt Kazan. De har med seg en schemnik som har levd i tilbaketrukkethet i tretti år. John, som er alene med ham, snakker om ulykkene som skjedde med Russland og søker råd. Den skjematiske kaller mange mennesker som er i stand til å motstå fienden - de er alle ødelagt av kongen. Han snakker om en prins, men prinsen er død. Etter å ha ledet schemeren, tvinger John gutterne til Mstislavsky, Belsky, Zakharyin og Godunov til å kysse korset ved at de vil tjene Fedor, og den femte utnevner Ivan Petrovich Shuisky hvis han overlever i nærheten av Pskov. Han sender ambassadører til Litauen for å inngå fred med Batur under de mest ydmykende forholdene, og tro at Batur etter hans død vil kreve enda mer, og ønske med sin uhørte ydmykelse å sone for synder.

I Cyril er kongedagen bedre. Godunov ringer hemmelighetene hemmelig, og de sier at dagen ikke er over ennå. Godunov er spådd av den keiserlige tronen, de tre stjernene som skiller ham fra stjernens storhet og hans viktigste mystiske motstander blir minnes ("svak, men mektig - uskyldig, men skyldig - ikke seg selv", "drept, men levende"). Dr. Jacobi ankommer, svarer Godunov, at tsaren må beskyttes mot irritasjon, og for dette kalte Belsky buffoons. Godunov aksepterer Bityagovsky og finner ut at folket er embittert mot Shuisky og Belsky. I mellomtiden undersøker John skattene og leter etter gaver til den engelske dronningen og bruden, en jester snurrer i nærheten av kongen, buffonger i de nærliggende kamrene venter på et skilt. Neste dag utnevner tsaren henrettelsen av Magi og sender Boris for å kunngjøre dem. Han er seirende, men mistenksom og utsatt for irritasjon; Etter å ha sittet og spilt sjakk med Belsky, dropper kongen. Godunov vender tilbake, og etter å ha ført kongen til vanvidd med meningsfull taushet, kunngjør Magi-svaret at deres vitenskap er pålitelig og at Kirillin ennå ikke har passert dagen. I sinne kaller John Godunov forræder, beskylder ham for å ha forsøkt livet sitt, kaller bødler og faller. Generell forvirring. Kongen kaller tilståelsesmann, boyars - leger, feilaktig kjører buffonger. John er døende. Folket på torget roper at kongen ble plaget av gift fra Shuisky og Belsky, og den forvirrede Fedor overlater forklaringer til Godunov. Godunov sender gutterne i eksil, Mstislavsky, som sammen med Nagy, Bityagovsky beskylder uro, til klosteret, Nagih - til UGLICH sammen med Tsaritsa og Demetrius. Fedor, hulker, klemmer Godunov. Folket på torget berømmer begge deler.