: En psykisk utviklingshemmet person har en operasjon for å øke intelligensen. Han blir et geni, men effekten av operasjonen er kort: helten mister tankene og befinner seg i et ly.
Fortelleringen gjennomføres i første person og er sammensatt av rapporter skrevet av hovedpersonen.
32-åringen psykisk utviklingshemmede Charlie Gordon bor i New York og jobber som vaktmester i et privat bakeri hvor onkelen tok ham med. Han husker knapt foreldrene og yngre søsteren. Charlie går på en spesialskole, der lærer Alice Kinnian lærer ham å lese og skrive.
En dag bringer frøken Kinnian ham til professor Nemour og Dr. Strauss. De gjennomfører et etterretningseksperiment, og de trenger en frivillig. Frøken Kinnian foreslår kandidatur til Charlie, den mest dyktige studenten i hennes gruppe. Charlie siden barndommen drømmer om å bli smart og er villig til å være enig, selv om eksperimentet innebærer en risikabel operasjon. Psykiateren og nevrokirurgen Strauss ber ham skrive ned sine tanker og følelser i form av rapporter. Charlies første rapporter er fulle av feil.
Charlie begynner å bestå standard psykologiske tester, men han lykkes ikke. Charlie er redd for at hun ikke vil passe til professoren. Gordon møter musen Algernon, som allerede har hatt en operasjon. Det eksperimentelle løpet går gjennom labyrinten, og Algernon går raskere hver gang.
7. mars gjennomgår Charlie kirurgi. En stund skjer det ingenting. Han fortsetter å jobbe i bakeriet og tror ikke lenger at han vil bli smart. Bakeriarbeidere håner Charlie, men han forstår ingenting, og ler med dem som han anser som venner. Han forteller ikke noen om operasjonen, og hver dag drar han til laboratoriet for å gjøre tester. 29. mars passerer Charlie for første gang labyrinten raskere enn Algernon. Frøken Kinnian begynner å forholde seg individuelt.
1. april bestemmer bakeriearbeidere seg for å spille et triks på Charlie og tvinge ham til å slå på deigblanderen. Plutselig lykkes Charlie, og eieren promoterer ham. Etter hvert begynner Charlie å innse at han for "venner" bare er en klovn, som du kan gjøre moro og ond med straffrihet over.
Jeg har nådd et nytt utviklingsnivå. Men sinne og mistenksomhet var de første følelsene jeg opplevde for verden rundt meg.
Han husker de mest krenkende sakene, blir herdet og slutter å stole på mennesker. Dr. Strauss gjennomfører psykoterapisamlinger med Charlie. Selv om Gordons intelligens øker, vet han veldig lite om seg selv og følelsesmessig er han fortsatt et barn.
Charlies fortid, som tidligere var skjult for ham, begynner å rydde opp.
Jeg ser ut som en mann som sov halve livet og nå prøver å finne ut hvem han var mens han sov.
I slutten av april endrer Charlie seg så mye at bakeriearbeiderne begynner å behandle ham mistenkelig og fiendtlig. Charlie husker moren. Hun ønsket ikke å innrømme at sønnen ble født psykisk utviklingshemmet, slo en gutt, tvunget til å studere på en vanlig skole. Faren til Charlie forsøkte uten hell å beskytte sønnen.
Charlie er forelsket i sin tidligere lærer Alice Kinnian. Hun er slett ikke så gammel som Charlie virket før operasjonen. Alice er yngre enn ham, og han begynner udugelige frierier. Tanken på et forhold til en kvinne skremmer Charlie. Dette skyldes en mor som var redd for at hennes psykisk utviklingshemmede sønn ville forårsake skade på hennes yngre søster. Hun kjørte gutten inn i hodet om at kvinner ikke skulle bli berørt. Charlie har endret seg, men forbudet, som sitter fast i underbevisstheten, er fortsatt i kraft.
Charlie legger merke til at bakeriets sjefskokk raner eieren. Charlie advarer ham, og truer med å fortelle det til eieren, tyveriet stopper, men forholdet forverres fullstendig. Dette er den første viktige avgjørelsen Charlie tok på egen hånd. Han lærer å stole på seg selv. Charlie presser Alice til å ta en beslutning.Han tilstår kjærligheten sin til henne, men hun forstår at tiden for et slikt forhold ennå ikke er kommet.
Eieren av bakeriet var en venn av onkelen, lovte å ta vare på Charlie og oppfylte løftet. Nå har imidlertid Charlie merkelig forandret seg, arbeiderne er redde for ham og truer med å slutte hvis Charlie blir værende. Eieren ber ham gå. Charlie prøver å snakke med tidligere venner, men de hater narren som plutselig ble smartere enn dem alle.
Fornuftet kjørte en kil mellom meg og alle jeg kjente og elsket, kjørte meg ut av huset. Jeg har aldri følt meg så alene.
Charlie har ikke jobbet på to uker. Han prøver å flykte fra ensomhet i armene til Alice, men ingenting kommer av dem. Gordon ser ut til å se seg selv og Alice fra utsiden gjennom øynene til den tidligere Charlie, som er forferdet og ikke lar dem endelig komme nær. Gordon husker hvordan søsteren hans hatet og skammet seg over ham.
Charlie blir smartere. Snart slutter andre å forstå ham. På grunn av dette krangler han med Alice - hun føler ved siden av ham en komplett tosk. Charlie beveger seg bort fra alle han kjente, og fordyper seg på skolen.
10. juni flyr Professor Nemour og Dr. Strauss til det medisinske symposiet i Chicago. De viktigste "utstillingene" på dette store arrangementet vil være Charlie og musen Algernon. På flyet husker Charlie hvordan moren uten hell forsøkte å kurere ham, for å gjøre ham smartere. Hun brukte nesten all familiebesparelsen som faren, en selger av frisørutstyr, ønsket å åpne sin egen frisør på. Mor forlot Charlie alene etter å ha født igjen og bevist at hun er i stand til å få sunne barn. Charlie drømte om å bli en normal person, slik at moren til slutt ble forelsket i ham.
Hver dag lærer jeg noe nytt om meg selv, og minnene som begynte med en liten krusning overveldet meg med en ti-punkts storm.
På symposiet oppdager Charlie så enorm kunnskap og høy intelligens at professorer og akademikere blir bleke mot hans bakgrunn. Dette hindrer ikke professor Nemur i å kalle ham “sin skaperverk” som tilsvarer Charlie med musen Algernon. Professor er sikker på at Charlie før operasjonen var et "tomt skall" og ikke eksisterte som person. Mange anser Charlie som arrogant og intolerant, men han finner rett og slett ikke sin plass i livet. I en rapport om intelligensforbedrende kirurgi føler Gordon seg som et forsøksdyr. I protest løslater han Algernon fra buret, finner han først og flyr hjem.
I New York ser Gordon en avis med et fotografi av moren og søsteren. Han husker hvordan moren tvang faren til å ta ham med til et krisesenter. Etter fødselen av en sunn datter, vekket den psykisk utviklingshemmede sønnen i hennes eneste avsky.
Charlie leier en fire-roms møblert leilighet i nærheten av biblioteket. I et av rommene arrangerer han en tredimensjonal labyrint for Algernon. Charlie rapporterer ikke engang hvor hun befinner seg til Alice Kinnigan. Snart møtte han en nabo - en gratis kunstner. For å bli kvitt ensomhet og sørge for hans evne til å være sammen med en kvinne, inngår Charlie et forhold til en nabo. Den tidligere Charlie forstyrrer ikke forholdet, siden denne kvinnen er likegyldig til ham, han bare ser på hva som skjer fra siden.
Charlie finner en far som ble skilt fra kona og åpnet en frisør i et fattig nabolag. Han kjenner ikke igjen sønnen, og han tør ikke åpne. Gordon oppdager at etter å ha drukket mye, blir han til en psykisk utviklingshemmet Charlie. Alkohol frigjør underbevisstheten hans, som fremdeles ikke har fanget opp den raskt voksende IQ.
Ingenting i oss forsvinner sporløst. Operasjonen dekket Charlie med et tynt lag med kultur og utdanning, men han ble værende. Han ser og venter.
Nå prøver Charlie å ikke bli full. Han går lenge, går inn på kafé. En dag ser han en kelner, en psykisk utviklingshemmet fyr, slippe et brett med tallerkener, og besøkende begynner å gjøre narr av ham.
Det er utrolig hvordan mennesker med høye moralske prinsipper ...aldri tillater seg å dra nytte av en mann født uten armer, ben eller øyne ... lett og tankeløst gjøre narr av en mann født uten grunn.
Dette oppfordrer Gordon til å fortsette sitt vitenskapelige arbeid for å komme disse menneskene til gode. Etter å ha tatt en beslutning, møter han Alice. Han forklarer at han elsker henne, men mellom dem står en liten gutt Charlie, som er redd for kvinner fordi moren slo ham.
Charlie begynner å jobbe på laboratoriet. Han har ikke tid til en elskerinne, og hun forlater ham. Algernon begynner rare angrep på aggresjon. Noen ganger kan han ikke gå gjennom labyrinten. Charlie tar musen til laboratoriet. Han spør professor Nemour hva de skulle gjøre med ham i tilfelle svikt. Det viste seg at Charlie ble tildelt et sted i den statlige sosialskolen og sykehuset "Warren". Gordon besøker dette stedet for å vite hva som venter ham.
Algernon blir verre, han nekter mat. Charlie når toppen av mental aktivitet.
Som om all kunnskapen jeg hadde tilegnet meg de siste månedene hadde samlet seg og løftet meg til høydepunktet av lys og forståelse.
26. august finner Gordon en feil i beregningene til professor Nemour. Charlie innser at han snart vil begynne en mental regresjon, den samme som for Algernon. 15. september dør Algernon. Charlie begraver ham i hagen. 22. september besøker Gordon sin mor og søster. Han oppdager at moren har senilitet. Søster er vanskelig med henne, hun er glad for at Charlie fant dem. Søsteren mistenkte ikke at moren ble kvitt Charlie for hennes skyld. Gordon lover å hjelpe dem så lenge han kan.
Gordons IQ synker raskt, han blir glemsom. Bøker, tidligere elsket, er nå uforståelige for ham. Alice kommer til Gordon. Denne gangen hindrer ikke den tidligere Charlie deres kjærlighet. Hun blir værende i flere uker og pleier Charlie. Snart forviser han Alice - hun minner ham om evner som ikke kan returneres. I rapportene som Charlie fortsatt skriver, er det flere og flere feil. Til slutt blir de de samme som før operasjonen.
20. november returnerer Charlie til bakeriet. Arbeidere som pleide å hån mot ham, beskytter nå og beskytter ham. Imidlertid husker Charlie fremdeles å være smart. Han vil ikke bli skånet, og drar til Warren. Han skriver et avskjedsbrev til frøken Kinnian, der han ber ham legge blomster i Algernons grav.